Ein transparenter Glaskubus umschließt einen warmen hölzernen Innenraum, der zum Verweilen und Besinnen einlädt. Die besonders markanten, größten Kirchentore der Welt öffnen sich an Feiertagen und im Rahmen der Offenen Tore vollständig und schaffen so einen fließenden Übergang vom Außen- in den Kirchenraum.
Im Inneren führt ein Kreuzweg mit Fotografien der Via Dolorosa um den Holzkubus, während der Altarraum von einem leuchtenden Kreuzvorhang aus Metallgewebe geprägt ist, der die Auferstehung Christi symbolisiert. Mit ihrer einzigartigen Atmosphäre ist die Herz-Jesu-Kirche ein besonderer Ort der Besinnung und ein bedeutendes Wahrzeichen Münchens.